Los investigadores dijeron que Pujols expiró en el hospital Universitario Brookdale.
La Policía ha divulgado un video de la cámara de seguridad interior de la bodega, en la que el atracador, de la raza negra, aparece pistola en mano, en el momento de cometer el atraco.
Familiares de Pujols, entre ellos su hermano Angel Pujols, dijeron que su muerte se debió a "un giro del destino", porque no le tocaba trabajar el día del atraco.
La víctima dejó a tres hijos en la orfandad y fue descrito como un hombre trabajador, padre cariñoso y buen marido.
La bodega está situada en la esquina de la avenida Howard, en el vecindario Bedford Stuyvesant, de Brooklyn.
La viuda del bodeguero asesinado, Selenia Pujols, dijo que su esposo, "se llevó una gran parte de nosotros. Todos estamos lastimados en este momento tan malo". La pareja, se había casado hace 10 años.
Sus hijos, Jairo, Kelvin y Alexander Pujols, también deploraron el asesinato del padre y pidieron que la Policía agilice la búsqueda del asesino para que se haga justicia.
Guillermo, otro hermano de la víctima, dijo que otro de los empleados de la bodega se enfermó y no pudo ir a trabajar, por lo que Rafael lo sustituyó.
Según la descripción de las autoridades, el sospechoso tiene unos 6 pies de estatura, 275 libras de peso y cojea. La Policía ha desatado una intensa cacería para capturarlo.